Yıllardan 1890'dır. Vakayama vilâyetinin Pasifik kıyısındaki Kuşimoto'nun Kii Oşima adasında, köy doktoru Tamura (Seiyo Uçino), iyi kalpliliği sayesinde yoksul adalıların gönüllerini kazanmıştır. Yardımcısı Haru (Şioli Kutsuna), nişanlısı denizde boğulduğundan beri konuşamamaktadır. 16 Eylül 1890 gecesi, Sultan II. Abdülhamid'in Japon Prensi Akihito Komatsu'nun İstanbul ziyaretine karşılık olarak Japonya'ya gönderdiği Ertuğrul fırkateyni, Yokohama'dan İstanbul'a dönerken, fırtınaya yakalanır ve Kii Oşima adası açıklarında batar. Personelin çoğu şehit olur. 500 üzerinde can kaybı ile o zamana kadar meydana gelen en büyük deniz kazalarından biridir. Oşima sakinleri hayatlarını tehlikeye atarak 69 kişiyi büyük mücadele vererek kurtarabilirler. Tamura ve Haru yaralı denizcileri tedavi ederler. Haru, Yüzbaşı Mustafa'nın (Kenan Ece) hayatını kurtarır ve onunla özel bir bağ kurar. Çok yoksul olan yerli halk kendine bile zor yemek bulurken, yiyecek ve giyeceklerini, tanımadığı, 9000 km uzak bir yerden gelmiş olan Türklerle paylaşır ve onları 60 hanelik köyde misafir eder.
[Çay seremonisi ustası ve iş adamı Toraciro Yamada öncülüğünde tüm Japonya'da Ertuğrul kazası şehitleri aileleri için yardım kampanyaları başlar. İleride Abdülhalil Paşa olarak da bilinen Yamada, Türk-Japon münasebetlerini tesis edecektir.]

Yıllardan 1985'tir. İran-Irak harbi sürmektedir. Bir roket saldırısı sırasında, Tahran Japon Okulu hocası Harumi (Şioli Kutsuna) ve Türk büyükelçiliği yetkilisi Murat (Kenan Ece) tanışırlar. 17 Mart akşamı Irak hükûmeti, 48 saat sonra İran'a karşı büyük bir saldırı başlatacağını ve sivil uçaklar dahil İran hava sahası üzerinde bulunan tüm uçakları vuracağını bildirir. İran'da vatandaşları bulunan tüm ülkeler vatandaşlarını tahliye etmeye başlarlar. Ancak Japonya, tahliye uçağı gönderemeyecektir. Durumun çaresizliğine rağmen, Haru talebelerini kurtarmak için yol arar. Japonya'nın İran Büyükelçisi Yutaka Nomura'yı (Toşiyuki Nagaşima) Türk sefaretinden yardım istemeye ikna eder. Dönemin Başbakanı Turgut Özal (Deniz Oral), Ertuğrul'a şükran borcu olarak, Türk Hava Yolları'na Tahran'da bulunan 300'den fazla Japon vatandaşının tahliyesi için talimat verir. Kaptan pilot Orhan Suyolcu (Serdar Yeğin), ikinci pilot Ali Özdemir, kabin amiri Ayşe Özalp, kabin memurları Müge Sayar (Yeliz Çelebi), Nazan Akünler, Sevil Atıcı, Deniz Cansız, Manolya Komutan, Emine Köprülü, Nuray Şalcı Kurtcan ve uçuş mühendisi Koray Gökberk'ten oluşan uçuş ekibi, 19 Mart 1985 sabahı Yüzyılın Kurtarma Operasyonu'nu gerçekleştirmek üzere Tahran'a doğru havalanır. Bir taraftan Irak Cumhurbaşkanı Saddam Hüseyin'in tanıdığı sürenin dolmasına sadece birkaç saat kalmıştır ve Tahran ağır bombardıman altındadır. Diğer taraftan İran'ı terk edememiş ve hâlâ Tahran Mehrabad havalimanında bekleyen Türk vatandaşlarının kendi ülkelerinin uçağı olan THY uçağına binemeyeceklerine dair daha ikna edilmeleri gerekmektedir. Tahran'da mühendislik yapan Kimura (Takayuki Takuma) ve diğer Japonlar ümitlerini yitirmişlerdir. Murat, vatandaşlarının vicdanlarına seslenmeye başlar. Onlara, uzun zaman önce uzak bir yerde, Japon köylülerin Türk denizcilerine gösterdikleri merhamet ve fedakârlığı hatırlatır.